S Program Studi Sarjana Teologi Kependetaan (S.Th)
Pendidikan teologi khusus diperuntukan bagi mereka yang mempersiapkan diri untuk menjadi Hamba Tuhan di Gereja sebagai Pendeta dan tugas lainnya. Pendidikan ini ditempuh dengan 70 Mata Kuliah dengan 154 SKS dan 6 SKS untuk skripsi sehingga menjadi 160 SKS. Pendidikan ini dapat dilakukan melalui kelas Reguler dan Intensif/Padat. Untuk melengkapi kesarjanaannya diberikan ijazah Akta IV sebagai kewenangan untuk mengajar dan mengabdi. Ijazah yang dikeluarkan STTE memiliki SIOP Kemenag dan SK Kelulusan BAN-PT.
S Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen (S.Pd)
Pendidikan Agama Kristen adalah mempersiapkan mereka untuk menjadi guru agama dan guru mata pelanajaran lainnya. Pendidikan ini ditempuh dengan 64 SKS mata kuliah dengan menyelesaikan 146 SKS di tambah dengan 6 SKS skripsi sehingga menjadi 152 SKS untuk mencapai kesarjanaan S.Pd. Selain itu diwajibkan untuk masa praktek lapangan (PKL) selama 6 bulan dan lulus pendidikan khusus untuk Akta IV sebagai hak untuk mengajar dan mendidik diberbagai komunitas. Pendidikan ini dapat diambil melalui kelas reguler dan kelas intensif/padat sesuai pilihan mahasiswa.
S Program Studi Pascasarjana Magister Pendidikan Agama Kristen (M.Pd)
S2 Prodi Magister (M.Pd & M.Th)
Sekolah Tinggi Teologi Ekklesia Pontianak berkomitmen untuk berperan aktif dalam menyiapkan tenaga-tenaga yang mampu bekerja dengan baik sesuai dengan panggilan, bakat dan minatnya, dan tentu tanpa mengabaikan kepentingan dan kebutuhan gereja melalui program magister.